防止液体曲污染杂菌，通常在下述几个方面采取措施．
(一)纯培养阶段
在酒精工厂中，用于生产液体曲的糖化菌种在斜面试管的纯培养到孢子悬浮液的制备，都是在专门设立的培养室内进行。菌种在纯培养阶段，一般都要经过原菌种(As3·4309)→固体斜面试管(察氏培养基)5—7天/32℃小米试管(50％麸皮，50％小米)→孢子悬浮液→液体曲罐(或种子罐）。
在这个培养过程中，由于菌种的传代次数增加和操作中的粗心大意，最易引起杂菌的污染和性能退化，特别是在用孢子悬浮液向液体罐接种时，应注意所用血清瓶、接种针、接种口的消毒，以防止在接种的过程中侵入杂菌。在纯培养阶段所用的仪器、设备、培养基等的灭菌，必须使温度保持在100℃以上，灭菌40一60分钟，灭茵后的培养基，要放入37℃的恒温箱内培养48—72小时，观察是否呈无菌状态后，再进行第二次灭菌，方可接入糖化菌种进行培养。
另外，有条件的地方，最好保持无菌室(就是接种室)的专一性。霉菌接种是在霉菌接种室内，酵母接种在酵母接种室内，这样才能有效地防止杂菌污染。对于条件较差的地方，必须在接种后，对接种室要重新灭菌后，才能在内接另一菌种，一般灭菌可用2500—2600A的紫外线灯照射15—30分钟。用70％酒精对接种器具和手等进行消毒。接种室要注意保持干燥、清洁、无尘，更不能在里面接种与生产无关又易挥散的各种霉菌，以防止原菌种混入杂菌。
(二)发酵液灭菌
各种原料按比例配好后的发酵液，要进行加热、蒸煮灭菌。加热蒸煮时，必须注意杀死各种微生物细胞和芽胞的温度条件以及糊化原料时，应控制的蒸煮温度和时间，通常情况下是采用130一145℃的温度。配好后的发酵液灭菌也是防止杂菌污染的关键一环，因为所用的各种原料都含有相当丰富的蛋白质和各种营养物质，一旦灭菌不完全，在液体曲的培养过程中杂菌就会大量的繁殖起来，严重影响液体曲的质量和生产的进行。
(三)空消灭菌
用来生产液体曲的管道、设备等，在没有投入发酵液以前的灭菌，生产中就叫做空消。空消前必须把它们全部清洗干净，保持管道、阀门畅通无阻，尽量减少死角，打开所有的排污阀，待排完里面存积的余水后，再保持微开，检查仪器、仪表是否正常。进入蒸气后必须将罐内冷空气排尽，再进行保压加热灭菌，灭菌中保持罐内压力为2.5—3kg／cm2（表压)，温度不得低于121℃，维持30一45分钟，空消完毕后，关闭所有阀门，打开进料阀，方可压发酵液入内。
(四)空气净化系统
液体曲中杂菌的污染75％以上都是由于空气处理不符合要求而引起的。它主要是由于几组过滤器和分过滤器上的毛病所致。所用的油水分离器、汽水分离器，每隔20一30分钟要进行间断排水、排油，或者采用连续不断地排除冷凝水、油污。所用的总过滤器中的过滤介质要经常检查，不能使空气有泄漏、直通跑过的现象，对于采用超细纤维过滤纸作为分过滤器的过滤介质时，要特别注意超细纤维过滤纸吸水致湿，一旦致湿应立即更换，以防失效而引起杂菌污染。
(五)停电、停气时的处理
生产中如遇停电、停气时，应立即关闭进气阀，再关闭排气阀，并使罐内至少能保持有0.2一0.5kg／cm2的罐压，在液体曲的整个培养过程中，不能有罐内压力处于零的现象。
(六)正确控制培养条件
培养液中的pH值对污染杂菌影响很大，生产中要求把PH值控制在既能防止杂茵的生长，又能促进生产液体曲所用菌的生长、繁殖。一般培养液中的pH值控制在4.0一5.0以内，pH值高于5.0时易引起杂菌的繁殖，pH值低于4.0以下．又会抑制培养菌的生长。液体曲的培养温度与污染杂菌关系密切，如温度低于28℃，易被青霉菌污染，温度高于35℃又易被某些细菌污染，所以培养温度应控制在32℃。同时液体曲超过正常的培养时间也容易引起杂菌污染。
