在糖化过程中，不管是使用固体曲还是液体曲作糖化剂，糖化时间都不宜过长。通常为20一40分钟，如果加曲量足够时，就能使糖化效率达到35—50％左右。在一定范围内，延长糖化时间，可以增加糖化醪中还原糖的生成量，但随着还原糖的增加，糖化速度越来越低。糖化时间过长，糖化醪中还原糖增加太多，发生糖抑制效应即溶液渗透压增高，影响酶反应与酵母生长，影响糖化酶的后糖化作用，淀粉的利用率反而得不到提高。同时降低了设备的利用率。
在曲霉糖化菌所产生的糖化酶中，如果存在转移葡萄糖苷酶时，在长时间的糖化作用中，会把麦芽糖上水解下来的葡萄糖，又转移给另一分子作为“受体”的葡萄糖上，生成异麦芽糖或潘糖，成为不能被酵母利用的非发酵性糖，加上酶系中α-淀粉酶长期作用，生成大量的麦芽糖也会被转移葡萄苷酶利用，这样也会降低淀粉的出酒率。酶系中的蛋白酶长时间的作用，会产生大量的氨基酸，促使糖化醪的酸度有所上升，不利于酵母发酵。
其次，在糖化过程中，长时间保持58—60℃温度，使糖化酶一直处在“高速”转化过程中，会使糖化酶后糖化力减弱，长时间的高温致使酶部分失活造成糖化酶钝化，最终使部分淀粉或糊精因糖化酶失活或糖化能力减弱而不能生成还原糖，使发酵醪残糖上升，淀粉利用率下降。在酒精生产的发酵过程中，要求糖化酶要具有较强的后糖化力，才能使原料中的可发酵成分充分利用。
另外，当酵母处于高糖度的醪液中发酵时，其发酵能力要受到抑制，繁殖速度和发酵速度都要减慢。有人实验，在加曲量足够的条件下，采用2分钟的糖化时间和采用2小时的糖化时间，最后发酵成熟后的含酒率几乎相等。
因此，糖化时间不宜过长，采用连续糖化时，一般可在20一30分钟就行了，在夏天，糖化时间还可略短一些。
