微生物分自养微生物和异养微生物。
所谓自养菌，就是指能够利用光能或氧化简单的化合物来获得能量，将自然界中取之不尽，用之不竭的二氧化碳、水合成复杂的细胞物质，而又不需要有机物作为碳源和能源，就能生长、繁殖和代谢的微生物，就叫做自养菌。如硝化细菌、硫化细菌、光合细菌等都属于自养菌。
所谓异养菌，就是指需要在较为复杂的有机物作为碳源和能源的情况下，才能生长、繁殖和代谢的微生物，就叫做异养菌。它主要包括大多数的细菌、放线菌，所有的酵母菌和霉菌。异养苗的氮源可以是无机含氮化合物或有机物蛋白质等。
自养菌和异养菌之间的区别，简单地说，就在于能否利用简单的化合物(二氧化碳，碳酸盐等)，作为构成复杂的细胞物质的能源和碳源。这就是它们之间的主要区别。
