把原始菌种或准备逐级扩大培养的菌种接入新的培养基中的过程，叫做菌种的接种。
将酵母菌或曲霉菌扩大培养和移种时，都必须进行接种，生产中所采用的接种方法，既要保证对菌种性能无影响，不易发生污染杂菌和变异，又要方便操作。为了照顾这两点，生产中培养菌种最常采用的有下列几种方法。
(一)固体斜面接种法
此法在培养菌种中是采用最多的一种方法，广泛用于保藏移种、扩大菌体、分离纯化、菌落鉴定等方面。它是用接种针在原始斜面菌种上挑取菌体，再在酒精火焰灭菌初，迅速将菌体接入待接种的固体斜面或平板培养基上，同时，也可以从液体试管中将菌体接入固体斜面或平板培养基上。然后塞好棉塞或差上盖子，放入恒温箱内保温培养备用。例如，将酵母菌从原始菌试管中接入新的斜面培养基培养时，先点燃酒精灯，再取出原菌试管和待接种的斜面培养基试管，用70％酒精擦洗外壁，进行第二次消毒(第一次是在接种准备前，在接种室外进行。)注意酒精不得沾湿棉塞，将两支试管同捏于左手中，然后在酒精火焰上轻烧棉塞四周，随即用右手的无名指和小指在火焰处拔去试管棉塞，一直夹在手上，再将右手上的接种针在酒精灯上再次灼烧，把针尖部全部烧红，要伸进试管的部分也应在火焰上通过2~3次进行灭菌，然后迅速将接种针伸入待接种的斜面培养基上冷却片刻，随后马上把接种针伸入原菌试管中提取菌体迅速接入待接种的斜面培养基上，塞好棉塞，再次轻烧棉塞四周，这样就完成了一次接种。注意整个接种过程中，试管口始终不能离开火焰，棉塞取出后不能与其它物品接触，只能夹在消过毒的右手指上。接种完毕，把接种针放在火焰上灼烧后，放回原处。最后将接种后的试管带出接种室，放入恒温培养箱内培养。
(二)液体接种法
此法在菌种的活化、镜检、扩大培养时采用，它可用接种环或无菌移液管两种作为接种工具，在接种室内，将原液体培养基中菌体接入待接种的液体培养基中，充分摇匀后，方可取出放恒温培养箱内培养。生产中也有为了方便而将液体试管中培养的菌种直接倒入口径较大的三角瓶中接种的。在接种前同样用70％酒精消毒试管、三角瓶四周，同样在火焰上轻烧棉塞四周后，在火焰处例入。必须指出：采用此方法接种，容易使三角瓶四壁粘上菌液，容易浸湿棉塞，在菌种纯培养阶段不要采用。
(三)针刺接种法
此法在生产中主要是用于带压培养容器中的培养液的接种，最常用的是采用血清瓶制成的孢子悬浮液，将血清瓶上的接种专用针头刺入巳消毒的菌种培养罐上的接种口中，将瓶中的菌体孢子悬浮液全部接入。培养液体曲时，就是采用的此种方法接种的，当血清瓶的针头刺进接种口中后，把液体曲培养罐内的压力升高至1.0~1.2kg／cm2(空气压力)此时血清瓶内也有正压力1.0kg／cm2以上，接着，液曲罐排气，降压至0.1~0.2kg/cm2，这时血清瓶的内压力比罐内高，血清瓶内的孢子悬浮液就利用这个压力差压到罐中的培养液里了。在接种前要用酒精火焰对接种口灭菌几分钟后，在火焰下把针头插入接种口，灭掉火焰，进行升压、降压等接种操作。
(四)混合接种法
主要在制备米曲汁时采用，它就好象日常生活中作“醪糟”一样，在蒸熟成饭的糯米中加上曲药，在一定温度下放置几天，就可得到鲜美可口的“醪糟”。作培养菌种用的米曲汁也是将大米蒸熟成饭，待冷却至35~37℃左右时，将米曲霉接入米饭中，用洗净消毒的双手将米曲霉与米饭充分混合均匀，然后放入恒温培养箱内培养即成。
