灭菌是生产中关键环节，生产中通常采用的灭菌法往往受各种因素的影响，造成灭菌不完全、不彻底，使生产遭到严重的细菌污染，引起发酵异常和原料损失。根据生产经验，通常影响灭菌效果的主要因素有以下几个方面。
(一)温度的影响
在采用干热或湿热灭菌时，灭菌温度是灭菌过程中最关键的参数，各种微生物必须在一定的温度范围内才能生长、繁殖，但温度过高又会引起细胞蛋白质凝固而变性，使菌体失去生命力，加热灭菌就是利用这个原理来杀死生产中不需要的各种杂菌。一般说来杀死细菌的芽抱必须在12l℃以上的温度，作用30—40分钟，才能全部杀死，对于含水较少的某些嗜热芽孢杆菌，其灭菌温度要在130℃以上，才能致死。
另外，在采用于热灭菌时，由于干热灭菌穿透力较差，放热较少，所以灭菌温度和灭菌时间要比湿热灭菌更高更长，才能杀死细菌。灭菌时，当灭菌温度达不到致死温度时，就不能做到灭菌完全、彻底。所以灭菌时控制温度的高低是决定灭菌效果的关键因素之一。
(二)药物浓度的影响
在采用化学药物进行消毒和灭菌时，对于使用的药物浓度，必须控制在规定的范围以内。例如，常用的甲醛水溶液浓度为5％，新洁尔灭水溶液为o．25％，酒精水溶液是70—75％等，把药物浓度控制在这些范围以内能起到较好的灭菌和消毒效果。生产中常用的化学药物，除酒精以外，一般说来，浓度越高，其灭菌、消毒的效果越好。浓度越低，效果越差。所以若不控制药物浓度，随便用水稀释后就使用，往往会严重影响消毒灭菌效果。特别是用于接种室中的消毒、灭菌剂，更应严格控制其使用浓度。
(三)灭菌时间的影响
无论是采用化学药物或加热方法进行灭菌，其作用时间对灭菌效果有决定性作用，也就是说，灭菌要有一定的时间才能起到灭菌的目的。例如，无芽孢的细菌温度在55—65℃下作用30分钟才能死亡，酵母菌和曲霉菌的营养细胞在60—80℃作用10分钟才能致死，可见都受到作用时间的控制。一般说来，作用时间越长，灭菌效果越好。生产中采用蒸气加热灭菌时，带压作用30—40分钟，常压作用时间为45—60分钟，当采用化学药物灭菌时，就必须控制更长时间，才能发挥其作用。
(四)培养基中水分含量的影响
对含有丰富营养物质的培养基灭菌时，由于含干物质多、含水少，其灭菌温度要高些，作用时间也要长些。含蛋白质越多，其作用的效果越差。这主要是由于培养基中含干物质多时，灭菌热力穿透不易，蛋白质易形成菌体的保护膜，同时，在含水越少的培养基中，蛋白质不易凝固，细胞中含水分越少灭菌时越不易死亡。所以，在含水较少的培养基灭菌时，作用时间要适当延长。另外，水分越多，加热后其潜热越大。因而浓度低的培养基灭菌比浓度高的培养基灭菌要容易、易彻底。
(五)灭菌物中pH值的影响
对于各种培养液或发酵液的灭菌，发酵液酸碱度的高低也会对灭菌效果产生影响，一般说来，多数微生物在偏酸性溶液中易被杀死，故pH值偏低时，灭菌时间要短一些。例如，当温度在120℃，pH6.1时，杀死10000芽孢数／ml，需8分钟，在相同温度下，pH4.5时，就只需要3分钟。
(六)其它因素的影响
除上述因素对灭菌效果产生影响以外，生产中往往还有其它一些因素也对灭菌效果产生影响。例如，对发酵罐灭菌时，所通入蒸气口径大小、位置等都与灭菌效果有关，有的厂发酵罐容积较大，进蒸气口非常小，并且整个发酵罐只有一处进口，往往加热20—30分钟后，其发酵罐某些局部尚未升温至热，这就很难保证灭菌彻底、完全。其次，发酵罐的吸热性对灭菌效果也要产生影响，如水泥发酵罐灭菌时间就比钢质发酵罐灭菌时间要长，否则就会灭菌不彻底、不完全。另外，管道、阀门布置太繁杂，设备死角太多等都可影响灭菌的效果。
