生产中选用的菌种，由于受培养条件、培养基的组成，保藏时间等因素的影响，有时会出现性能衰退、甚至发生变异等不正常现象，严重影响生产效率。一般说来，引起菌种性能发生退化，主要是由于下列因素所致。
(一)物理、化学因素的影响
物理、化学因素主要是指培养温度、培养时间、培养基pH值、培养基中各种营养物质的配比、辐射等，如把菌种较长时间培养在这些不适宜的环境中，就会出现性能衰退、发生变异，使发酵时效率降低，糖化力下降。例如酵母长期在低温下培养，就可能使耐高温的性能衰退，把曲霉糖化菌As3·4309长期培养在米曲汁培养基中，则会出现糖化力下降等。
(二)菌种的本身及传代次数的影响
菌种本身的退化、变异在使用过程中是常常发生的，菌种在生产中长期使用，又没进行纯种分离，长时间的扩大培养，都可引起菌种性能衰退。当多次传代培养，也易引起性能退化，特别是用于制造糖化剂的As3·4309曲霉糖化菌，传代次数在5代以上，其糖化力就会有明显的下降，传代次数越多，其性能的衰退、变异的可能性越大。
另外，菌种在保藏的过程中，由于保藏时间、保藏温度、保藏用的培养基等不当时，也会产生性能衰退的现象。
总之，菌种性能的衰退是由多方面因素所引起的，在使用菌种时，只要严格管理、严格操作、掌握菌种的特性，是可以减小菌种退化的速度。对于已经衰退的菌种，必须进行纯种分离、复壮处理，并对其性能和生理生化鉴定后，才能再继续投入生产中使用，对于不能恢复其原有性能的菌种，必须重新换种，以免使生产遭受严重损失。
