在发酵过程中，常常发生一些不正常的现象，夏天比冬天更容易发生。常见的异常现象有发酵率太低、发酵迟缓、杂菌污染、发酵醪中温度不稳定、醪液输送困难、发酵时产生泡沫太多等。
(一)影响发酵率的因素
1．菌种性能的影响 使用酵母菌种的好坏，是直接影响发酵效率的因素。这里菌种的性能影响包括曲酶糖化菌，这些菌种的性能与糖化后的糖化醪质量的好坏、发酵后成熟醪中酒精含量有重要关系。即是说，采用不同性能的菌种，有不同的发酵效率。例如，生产中所用的酵母菌，有的可使成熟醪中含酒精8％(容量)以上，且残糖少。而有的酵母菌最高只能使成熟醪中达到含酒精7％(容量)，而且残糖多。因此，使用优良的菌种可提高发酵效率。
2．原料的粉碎、蒸煮的影响 由于原料的粉碎、蒸煮达不到工艺要求，粉碎粒度过大或过小，蒸煮醪过老或过嫩，这些蒸煮醪送往糖化岗位后，糖化醪的营养质量随之下降，酵母利用困难，当然得不到高的发酵率。
3．糖蜜发酵前酸化的影响 糖蜜发酵前必须经过酸化处理，酸化处理的作用是有利于澄清、除杂，同时抑制杂菌的生长。如果糖蜜原在酸化中，酸化时间不够，加酸量不足或者太多以及加酸时使糖分焦化太多，都会使发酵效率下降。
4．酒母质量的影响 发酵的过程中，必须投入活性强、繁殖速度快的酒母。酒母的质量好，可使发酵醪的酵母健壮、繁殖快，酵母数多，从而可使发酵效率提高；酒母质量低，会致发酵醪的酵母发酵力弱，最后发酵效率就低。当酒母接入发酵醪中时，其酵母细胞数应不低于1.0—1.2亿／ml，出芽率应不低于20％。
5．发酵醪中糖度的影响 发酵醪中糖度过高，其渗透压也高，酵母菌体细胞在高渗透压的发酵醪中生长和代谢都会受到抑制，引起酵母细胞变形或损伤，从而使发酵醪中，酵母数少，出芽率低、死亡率高，从而影响发酵效率。若糖度过低，酵母菌缺乏营养，发酵过早结束，含酒分低，其它损耗不变的话，吨酒精成本提高，同时，设备利用率低，影响产量。因此，发酵醪中糖度过高和过低都不能达到好的发酵效率。
6.发酵醪中pH值的影响 发酵醪中的pH值对酵母生长、繁殖、代谢有重要的影响，细胞中的酒化酶因pH值过低而受到抑制，产酒就少。酵母菌体对营养物质的吸收也受到pH值的影响，pH适宜，吸收营养物质就多，消化也会加快，则代谢的酒精就多。酵母菌最适pH值，一股为4.5—5.0，但生产为了防止杂菌污染，多控制在3.8—4.5之间。
7．发酵温度的影响 发酵温度对发酵效率也有明显的影响，如发酵前期温度过高、酵母过早地衰亡、使成熟醪中残余糖分多，则发酵效率必然会降低。当发酵温度超过37℃时，不但使酵母菌发酵力受到影响，而且还易遭到杂菌污染，最后导致发酵效率低。但过低的温度，又会使发酵周期延长，发酵缓慢，影响产量，并降低设备利用率。一般在发酵前期，控制温度不超过32℃，中期不超过35℃，后期不低于30℃较为合适。
8．发酵时间的影响 发酵时间对发酵效率也有较大的影响。时间过短，发酵不完全，发酵醪中残留可发酵性物质多，则不但使发酵效率下降，而且过嫩的发酵醪送往蒸馏时，还影响蒸馏操作。发酵时间过长，成熟醪中的酒分易散失，并且易使醋酸菌侵入，发生酸败。也会降低发酵效率。
9．发酵设备的影响 如果设计的发酵罐、管道、二氧化碳洗涤塔等不能满足工艺的要求，特别是采用上面发酵酵母菌进行发酵时，其发酵罐直径与高之比不适当时，对发酵效率影响甚大。如果设备跑醪、漏醒、不利排除CO2，计量不准、过多地排污等，都会使发酵效率降低。
10．杂菌污柒的影响 由于杂菌的污染，可发酵性物质被杂菌利用，酵母菌生长受到抑制，发酵效率就会受到严重影响。
(二)杂菌污染的因素
发酵过程中，发酵醪中污染杂菌是由于多种因素引起的。一方面杂菌可能来自糖化醪或原菌种纯培养阶段培养液和酒母，另一方面主要是用于发酵的管道、设备的灭菌不彻底、卫生条件差、发酵中控制的各种条件不适宜酵母菌的生长、繁殖，特别是发酵温度偏高、pH值偏高都易被杂菌所污染。
(三)影响发酵迟缓的因素
发酵迟缓，也就是说发酵不旺盛和发酵时间延长，引起发酵迟缓的因素一般有酒母醪的体积与发酵罐体积之比太大(即接种量太小)，发酵温度太低，pH值太低，发酵醪中糖度太高，发酵醪中营养成分不全或某一成分含量不足，发酵醪中含有毒物和不发酵性物质太多，原料蒸煮太嫩、夹生或焦化含焦糖太多，糖化酶用量太少，有杂菌污染，发生误操作等，都可引起发酵迟缓。
(四)影响醪液输送困难的因素
根据发酵工艺的要求，几乎所有的连续发酵罐内醪液的输送，都是采用罐与罐之间的位差(液压差)和CO2的气压来促使发酵醪流动的，正常的情况下发酵，是畅通的。但有些时候，发酵醪流动困难，特别是淀粉质原科的发酵最易发生。使发酵过程中无法保持正确的流加量和稳定出醪。发酵醪输送困难的主要影响因素有发酵不旺盛、发酵醪含干物太多、粘度大、醪中胶体、泥沙等物太多、发酵罐和管道设计不合理等，都可引起发酵醪输送困难。
(五)影响发酵醪中温度不稳定的因素
发酵醪中温度不稳定，主要是由于进醪量和进醪温度不稳或酵母发酵不正常所引起的。特别是采用连续发酵时，进醪忽多忽少，进的醪温度波动大，冷却水时多时少，这样操作也会导致发酵醪温度时高时低。在发酵的过程中，根据罐内醪的浓度和温度，要控制好进醪量和调好进醪温度，调节好冷却水，使发酵罐内温度稳定。
(六)引起发酵泡沫多的因素
发酵时产生泡沫的多少，除与所用酵母的发酵性能有关以外，还与原料的种类和原料蒸煮程度有关。当发酵中产生较多泡沫时，可加入适当的土耳其红油和其它植物油除泡。防止泡沫多而影响CO2的排除和设备的填料系数。
