观察细菌形态所用的主要器材有显微镜、酒精灯、载玻片、接种针、擦镜纸、吕氏美蓝染色液、细菌培养液(或取被污染的发酵醪)。其操作方法如下；
(1)取清洁无油的载玻片一块，在玻片中央滴一滴水(如用细菌培养液可不加水)，取少量的样液，用水充分混合均匀，制成混浊液，然后涂布成为小片。(取过菌液的接种针，放在酒精火焰上灼烧后，放回原处。)
(2)涂好带菌的载玻片，可在火焰外面烘干固定，迅速杀死菌体，并使菌体固定在载玻片上，以便染色。烘干时只能用微热，使玻片迅速通过火焰上面，立即用手接触载玻片的背面，使其温度下降，检查时以不烫手为宜，如温度太高会影响染色效果。
(3)将上述所涂液进行染色，用吕氏美兰染色液1-2滴，覆盖子载玻片上涂菌处，染色2~3分钟，然后倾去染液，用水沿载玻片一侧轻轻冲去多余的染料，至冲下的水呈无色为止。如染色后的载玻片，在涂有菌液的地方略有显色，则说明涂片均匀，如颜色过深，则说明涂菌过多。
(4)经染色后的载玻片上的菌体，应使涂面干燥后，并擦去周围水迹，才可在显微镜下观察，干燥方法可以用自然风干或用吸水纸在表面轻轻把水吸去，但注意不能摩擦，以免把菌体擦掉。干燥后，先用低倍镜观察，再用高倍镜观察，最后用油镜观察。但必须指出用此染色法，在光学显微镜下观察细菌，只能观察到个体形态和部分结构，其细胞详细构造，则必须在电子显微镜下才能清楚地观察出来。对酒精生产而言，能了解到细菌的个体形态就基本够了。
