酒精生产中常用的灭菌方法有高压蒸气灭菌法、常压蒸气灭菌法、干热灭菌法、过滤除菌法、紫外线灭菌法、火焰灭菌法。这些灭菌方法都具有各自的特点，因此，生产中几乎所有的灭菌方法都要被采用。
1.高压蒸气灭菌法
此法是采用1.2—1.5或2.5—4kg／cm2(表压)的过热蒸气，对各种不同发酵原料、受压设备、管道灭菌，其作用时间常为30—60分钟。此法具有灭菌效果好，作用时间短的优点，因此，生产中被广泛用于液体曲培养液、发酵醪液、发酵设备等灭菌。但此法不宜用于在高温下易发生变化的物质，因其灭菌温度一殷都在120℃以上。
2．常压蒸气灭菌法
它是采用加热蒸气保持100℃或采用加热煮沸至100℃来达到灭菌的目的，它适宜于对各种不宜耐压、耐高温的物品、培养基等的灭菌，其作用时间为45—60分钟，连续3天，每天灭菌一次， 3次后能达到彻底灭菌的目的。
3. 干热灭菌法
它是利用干热灭菌箱，加热空气至150—170℃，维持1—2小时来达到灭菌的目的，此法适宜对玻璃培养仪器、棉塞等的灭菌。
4．过滤除菌法
此法用过滤介质将细菌等微生物过滤掉，达到无菌的目的。生产中常用于空气净化系统的除菌、接种室内空气的处理。常用的过滤介质有棉花、活性炭、超细纤维过滤纸、细菌过滤膜等。
5.紫外线灭菌
此法是利用紫外线灯，发生的紫外线对细菌的菌体具有杀伤作用而达到灭菌的目的，以波长为2500—2600 A的紫外线灭菌效果为最好。生产中主要是用于接种室内，其作用时间一般为20—30分钟。
6．火焰灭菌法
此法是用火直接烧死各种微生物，而达到灭菌的目的。它常用于培养室菌种接种时采用，对接种用具--接种针、接种环试管口、三角瓶口的灭菌。通常是利用酒精灯火焰进行的。
除上述灭菌方法以外，生产中还采用一些化学药品如甲醛、来苏尔、洁尔灭、酒精、硫磺等作为灭菌、清毒的药物。
将市售甲醛用水稀释成5—10％的溶液，可作为发酵设备、生产场地的灭菌。同时，甲醛又是接种室中灭菌的主要药物之一。
来苏尔、洁尔灭、酒精常用于仪器、试管、三角瓶、操作台的消毒，其使用浓度除酒精为70％以外，其余均为2—5％。
硫磺广泛用于生产场地的消毒，常用的方法是燃烧硫磺，让产生的SO2来达到消毒灭菌的目的。
