黄酒发生混浊沉淀通常有两种原因，一种是微生物混浊，主要是受到腐败性乳酸菌的污染引起，黄酒的香气和口味也会发生改变。这类酒不应饮用。第二种是非生物混浊，主要是蛋白质混浊。 当把酒加热到60℃以上，酒会变清，冷后又出现混浊。随着时间的增长或环境的改变，酒会因自然沉淀而变清，同时产生沉淀。这一点可与微生物混浊相区别，这类酒对人体健康无害。 黄酒在储存期间，由于酒中的糖分和氨基酸结合生成类黑精的物质，使酒色变深且有焦糖臭味，酒味极差。这一现象称为黄酒的褐变。这种酒不宜饮用。
